来托尼亚王国的王子只有一个梦想：找到睡美人，破除她身上的诅咒，然而他的父亲并不允许……

无限的冒险，如今拉开序幕——根据每位玩家的不同行为以及性格，游戏习惯等进化为具备独特能力的系统。装载了如此极具梦想的系统，全方位体感VRMMO〈Infinite Dendrogram〉，在面世一瞬间便引发舆论狂潮席卷全世界。结束大学入学考试后在东京开始独居生活的椋鸟玲二，在哥哥的邀请下，首次启动哥哥之前推荐的游戏〈Infinite Dendrogram〉……

曾经教导少年银时等人的师父吉田松阳，化作不同的人格，意图带着地球一起结束自己的生命。为了阻止他的野心，昔日盟友银时、高杉、桂决定带着心中的信念并肩作战。此外，万事屋的新八和神乐、新选组、歌舞伎町，甚至曾经的宿敌齐聚一堂，为银时等人应援，为保护自己该保护的东西而拼死一搏……