2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

有关本剧的情报并不多，不过有消息源指出，该剧类似《银河奥特曼》，即主角艾克斯奥特曼可以 使用其他奥特曼战士/怪兽的力量，不过区别点在于，主角艾克斯奥特曼可以借助特殊的卡牌使用其他奥特曼战士/怪兽的力量（类似银河奥特曼的火花软胶人偶超变身设定），比如艾克斯奥特曼能数码哥莫拉卡牌“合体，并且从海报的左上方我们能看到同数码哥莫拉卡牌“合体”的X奥特曼,看起来有机甲的视觉。

某日，正在做实验的SSP成员，突然收到了不知道是谁寄来的神秘道具。没想到那居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。可为什么艾克斯闪光会出现在这里呢？艾克斯奥特曼的变身者大空大地，被人绑架了。某座岛屿似乎发生了异变，欧布奥特曼独自迎敌，落入下风。幸亏最后赛罗奥特曼及时赶到，欧布奥特曼才得以脱出困境。地球出现了新的危机！宇宙魔女贼姆鲁娜乌得到了拥有邪恶力量的黑暗之环，她拥有将任何东西转化为宝石的能力。她喜欢将转化后的宝石作为珍藏品收藏起来。之前她已经收集了银河奥特曼和维克特利奥特曼的宝石。如今姆鲁娜乌盯上了地球

《银河·奥特曼S》为《银河·奥特曼》的续作。全新TV剧情，共16集。片名中的"S"为"Storium"的首字母，指的是银河奥特曼在本作中获得的新形态——银河奥特曼斯特利姆。银河·奥特曼仍然是本作的主角。此外，片中将会有新的奥特英雄登场，他的名字是——维克特利·奥特曼。