舞台为2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频共鸣音，同时城市也被红雾给包围。接着，听到那个声音后无论是动物还是人都会失去意识。随着首都功能的麻痹，政府暂时转移到大阪，并推测引起该现象的罪魁祸首应该是不明真身的病毒，进一步担心此为流行性病毒，于是封锁了东京。但是，自这个“大共鸣”6天后，失去意识的人们像什么事都没发生一样地醒了。之后，封锁都市·东京逐渐恢复了作为城市的功能，但以那天为界，各种“异常事件”开始发生，人们相继地被进一步被非日常给侵蚀。其中，解放隐藏在血中的力量的年轻人们，朝着“英血之器”

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪（UC）终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century（RC），并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地、连接地球和宇宙的轨道天梯“首都塔”，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的光子电池（Photon Battery），故被视为圣地。其守护组织“首都卫队”候补生贝尔利・杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明的MS“G-Self”攻击。贝尔利使用作业用MS“雷克汀”与其交战并成功捕获。然而“G-Self”的驾驶者，名为艾妲·雷哈顿的宇宙海贼少女却对贝尔