《江山美人》没有将故事发生的时间定格在一个具体的朝代，而是利用架空的时代背景演绎了一段浪漫的童话。在诸侯割据，战火连天的年代，甄子丹饰演的大将军负责训练公主（陈慧琳饰）武功，后来公主被奸臣（郭晓冬饰）所害，随即逃出皇宫，幸得一位武功高强的隐士（黎明饰）所救，二人随即产生爱情，在隐士的帮助下，公主除掉了杀害父王的奸臣，并且夺回了王座。就在此时，公主却选择与隐士回归山林，为了爱情抛弃了大好江山。

故事讲述明朝正德皇上（赵雷 饰）怠惰慵懒，闻说江南风光如画，决意微服私游。在梅龙镇，适逢酬神庙会，看到一名扮作天女散花的美貌少女，正德皇深为倾倒。正德皇来到龙凤店，方知那名少女就是店主之妹李凤（林黛 饰）。正德皇藉词结识，李凤见他风流俊俏，芳心窃喜。正德皇向她吐露爱意，两人终于成其好事。

北宋末年，昏庸享乐的宋徽宗赵佶在童贯、蔡京等奸臣的溜须逢迎下，驱使着王朝走向毁灭的边缘。一个不切实际的梦境，让皇帝对江南的美女念兹在兹。他假扮太监周游皇宫，无意间邂逅了美丽女子方玉儿。起初二人相谈甚欢，但玉儿在知晓皇帝的身份后反而变得冷淡，原来这一切都和童贯假借寻访美女之名屠戮碣村有关。为了查明真相，赵佶带着玉儿前往江南，谁知却遭到童贯的重重阻挠，更有与玉儿曾有婚约的方腊欲行刺杀。在这一过程中，玉儿对皇帝的心结慢慢解开，离乱当前，或是江山或是美人是最为痛苦的选择。只是美人难再得，却又奈何……