故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各

思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法……女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。

一场突如其来的鼠疫在德国科隆降临。一时之间，街道、下水道、家里、垃圾堆，到处都堆满了老鼠。一例例被感染的病人相继死去。一批批的人被强硬隔离起来，恐惧与慌乱随着空气一起蔓延开来，整个城市被死神的阴影笼罩着…… 在德国的科隆，发生了出人意料的事情，中世纪的瘟疫——“黑死病”再次侵袭了这座城市。事发于一个流浪汉猝死街头，令人难以置信地显现了黑死病地症候。综合医疗调查组的马丁·布鲁格医生和疾病控制专家克莱蒙·林德斯尔在这座古城发现了可怕的一幕。大堆的死鼠堵塞了下水道，是它们引起瘟疫德吗？为了避免市民恐慌，政府没有