以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先在此歇脚。浑然不知倭寇派出主力部队攻打飞鱼隘口，土城中仅存的百姓都是老弱妇孺，棍僧们决定留在土城帮助村民抵抗倭寇。生死存亡之际，十八棍僧共同抵挡了倭寇的进攻。但因师弟的冲动，几位师兄弟被倭寇杀害。倭寇首领得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部队进行偷袭，以便发动最后的决战，誓要攻下飞鱼隘口，杀掉和尚为弟弟报仇。

宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧人，在少林寺中遇到一名醉癫和尚，学到一身好功夫。亦在元军侵占少林寺时大显身手把元将军杀掉。