《悠悠寸草心2》围绕曹家、林家第二代展开故事：玉辉与婷婷、家欣与建良、文慧与家望的情感故事起伏跌宕，期间变故出人意外，又入人意之中；金凤与翠娥为儿女的情事、生存倾尽母爱，倍受煎熬，而冬生的死而复生对所有亲人无异是一个晴天霹雳。

石笋山八仙聚会，八仙各有思乡之情。正巧曹国舅（景休）成仙千年，玉帝特准下界探亲一月。何仙姑陪同曹国舅来到乔迁夜宴阖家欢乐的曹家。曹家公司遇到资金问题，曹兴国又不信任自己的儿子有能力帮助自己，曹兴邦在暗地里使坏，阻止了老朋友对曹兴国的帮助。曹国舅和何仙姑看在眼里，急在心里，就在曹国舅想要使用法力帮助曹兴国度过难关的时候，何仙姑制止了他，以女人独有的智慧激发了曹兴国与曹景新之间的父子情，也帮曹家度过了难关。

时值国家内战、军阀割据的乱世时代，军阀少帅曹少璘（古天乐 饰）因杀害三条人命，被普城保卫团团长杨克难（刘青云 饰) 绳之于法。可曹家财雄势大，以强权震慑居民，曹家上校张亦（吴京 饰）得悉事件后，赶来普城取人，在城中遇上多年不见师弟马锋（彭于晏 饰），马锋是位武功高强的浪人，路见不平欲拔刀相助，可是却面临正义与兄弟情之抉择。