本片是《东方三侠》的延续编，也是金城武的银幕处女作，三位香港顶级女星同场功夫大比拼可一不可再，连配角刘青云现在也是影坛红人。　结婚生子后的冬冬（梅艳芳 饰）过着相夫教子的的日子，但世界并不太平。经历过核爆炸后，世界面临水荒，但却有一家神秘的净水公司控制着纯净水并从中谋取暴利，甚至遏制了整个社会的命脉。此时，一位名叫长空（金城武 饰）的人被推到台前，成为其背后势力反政府的领袖。然而，不久长空被杀，杀手将此罪责嫁祸给冬冬的老公（刘松仁 饰），他也是当时的公安局长。局长因此被杀，冬冬也被捕，军长趁机发动了政变。

隋朝大业年间，炀帝昏庸无道。大司空杨素趁机把持朝纲。元宵花灯之夜，五位绝色舞伎进入大将军李玥府内表演歌舞，为首一名叫红拂的舞伎杀死李玥。原来，他们是杨素派来刺杀李玥的暗人。 五人焚烧了李俯。洞房花烛夜，浑然不知情的红拂，怀着对独孤城的情意精心装扮自己。然而，出现的却是杨素，红拂绝望了。

无名氏”、“氏无名”、“名无氏”本是劫富济贫的武林三兄弟，而三弟却贪图功名利禄投靠了官府。一次，官府假借赈灾之名押运一批寿款，无名二兄弟与镖师杨雄、荷花五妹联手，识破了官府诡计，治服了三弟，将钱款归还民众。无名二兄弟与荷花五妹结为新的无名三侠客。

东东(梅艳芳)与心靖(杨紫琼)本是一对来自不同家庭的孤儿，在10岁左右被一位武林高人所收养，教她们习武，希望二人能成为一对行侠仗义的女侠。可是，在心靖12岁那年，却被几个神秘高手所捉去，自此音讯杳然。东东长大之后，下嫁一名警官刘启文(刘松仁)，夫妇感情虽好，然而东东却一直隐瞒着自己是女飞侠的身份，不知不觉中，这个秘密亦成了二人之间的鸿沟。心靖当年被捉回清朝宧官陈公公的魔宫之后，公公运用魔法，洗去心靖的记忆，并迫心靖练一种消弛七情六欲的功夫。陈七(张曼玉)亦是被公公捉回来的无辜小孩，但陈七本性聪明不羁，趁着

明末清初的动荡时期，丰润县马蹄庄庄主高保良把不顾百姓死活一心敛财的知县魏怀远的女儿魏文贞绑至磨坊，想借此让魏怀远免收村民钱粮。因不敌入侵的清兵而阵亡的边关元帅卢象升的侄儿卢方（王羽）因突围一事途经马蹄庄，见此情形决意插手。魏怀远承诺豁免钱粮，暗中却捉到高保良的女儿以作人质。经过一番波折，卢方联合到不愿受魏怀远指使的武侠义士燕子清（罗烈）、黄梁（郑雷），三人一起在马蹄庄与魏怀远派来的士兵展开对垒，却中计被捕入狱。知晓父亲的所作所为后，魏文贞大义灭亲将义士救出，一场恶战随即爆发。

“锦毛鼠”白玉堂在松林镇斩杀恶贼花蝴蝶之时，遇到为报家仇，刚从婚礼上刺杀新郎、试图逃脱侯爷府追兵的方素心，赠以随身信物“白玉老鼠”，指点她凭此前往芦花荡安身立命，白玉堂为救方素心和其弟小儒，不幸中了小侯爷派出的双煞的“五毒烟”，幸得展昭义助。包公升堂断案，小侯爷被削去世袭爵位，圈禁于安国侯府中，但其不甘受禁，唆使双煞杀害方素心以泄心头之愤。为救方素心，白玉堂不得不刀劈小侯爷，白玉堂向包公请罪，戴罪立功。江湖上不断出现残忍奸杀女子的事件，更有王爷之女赵公主在内。凶犯留下的种种线索，均显示此些事件是白玉堂所为